Todos os documentos são precedidos por um sumário analítico, no qual se procede à classificação da sua tipologia (carta, relação, tratado, apontamentos, resposta, etc.), identificação do destinatário ou assunto abordado, local e data de redacção e respectiva referência arquivística. Nestes sumários são ainda indicadas as diferentes vias, quando existentes.

Nos documentos integralmente escritos em latim, coloca-se a tradução para português na página ao lado. As frases, expressões ou palavras em latim, que ocorrem em documentos escritos em português, são destacadas a negrito, para se identificarem facilmente no corpo do texto, seguindo-se entre parênteses rectos a respectiva tradução.

Nos documentos que contêm caracteres chineses, deve restituir-se a sua forma clássica, sendo a sua tradução apresentada em nota de pé de página.

As regras de transcrição paleográfica adoptadas assentam num compromisso entre a edição diplomática e a edição crítica, tendo por base uma atitude de fidelidade aos manuscritos.

Assim, com o objectivo prioritário de facilitar a leitura dos documentos, sem contudo se perder de vista a sua forma de época, seguem-se, na generalidade, as regras preconizadas por Eduardo Borges Nunes:

- respeita-se a grafia das palavras, mantendo-se os arcaísmos fonológicos e lexicais presentes no texto;

- mantêm-se os grafemas <i>, <j>, <y> e <u>, <v>, apesar de os caracteres de cada um destes grupos serem utilizados com o mesmo valor fonético, bem como as consoantes geminadas;

- desdobram-se em itálico as abreviaturas das palavras;

- respeitam-se as nasalações;

- assinalam-se as mudanças de fólios;

- respeitam-se os sublinhados dos textos;

- mantém-se o sistema de acentuação e pontuação, exceptuando os casos em que o autor introduz a maiúscula para iniciar uma nova frase e não assinala o final da frase anterior com a respectiva pontuação;

- respeitam-se as maiúsculas e minúsculas do original;

- procede-se à separação e reunião de palavras e partes de palavra de acordo com o uso moderno, de forma a facilitar a sua compreensão;

- utiliza-se o apóstrofo e nas palavras enclíticas recorre-se ao hífen;

- em nota de rodapé assinalam-se os acidentes do texto (espaços em branco, palavras riscadas, repetidas, entrelinhadas e borrões) e os lapsos cometidos, que são comuns no caso do copista. De forma a que a legibilidade do documento não fique comprometida, procede-se à correcção das palavras no corpo do próprio texto, remetendo-se para a respectiva nota a forma utilizada pelo autor ou copista;

- restituem-se algumas correcções de palavras entre parênteses rectos;

- quando houver dúvida, na leitura paleográfica de uma palavra do manuscrito, assinala-se com: (?);

- utiliza-se (sic) para identificar palavras grafadas de forma incomum;

- não se transcrevem os reclamos;

- respeita-se a disposição dos documentos nas fórmulas iniciais e finais.

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